Симптомы данного заболевания могут быть весьма разнообразны и во многом зависят от индивидуальных особенностей организма. В редких случаях, эндометриоз вообще не проявляется и вовремя установить его может только регулярный (раз в полгода) медицинский осмотр, однако в большинстве случаев, те или иные симптомы все-таки наличествуют.

Так, наиболее характерными признаками эндометриоза является болевой синдром. В разных формах он проявляется у 45—60% больных эндометриозом. Наиболее часто бывает дисменорея. Особенно сильно она проявляется за несколько дней до начала менструации (примерно, за 1—3 суток) и достигает максимума на 1—3 сутки менструации.
Тазовая боль, не связанная с менструальным циклом, наблюдается у 16—24% женщин. В большинстве случаев эта боль обуславливается вторичным воспалительным процессом, который развивается в пораженных эндометриозом органах.

У некоторых женщин могут возникать сильные боли при половом акте. Диспареуния (боль и дискомфорт при половом акте) наиболее выражена у больных с поражением влагалища, ректовагинальной перегородки, крестцово-маточных связок, прямокишечно-маточного пространства. Нередки также болезненные ощущения в области поясницы, нерегулярность менструаций, их чрезмерная обильность.
Вторым по частоте симптомом эндометриоза и, наверняка, самым неприятным является бесплодие (невозможность зачатия ребенка). Оно встречается у 24—40% больных эндометриозом. Соотношение первичного и вторичного бесплодия составляет 1:1. Фертильность (способность родить) в популяции больных эндометриозом существенно ниже таковой у здоровых женщин. Механизм возникновения бесплодия при эндометриозе окончательно не выяснен. Причиной его могут быть изменения (вследствие эндометриоза) труб, яичников. Хотя не выявлено четкой взаимосвязи между степенью тяжести эндометриоза и частотой бесплодия. Возможно, еще одной причиной бесплодия при являются изменения местного и общего иммунитета, наблюдаемые при эндометриозе. А возможно, что причиной бесплодия при эндометриозе в части случаев является сопутствующая ановуляция (нарушение процесса овуляции).

Симптомом эндометриоза также может являться и меноррагия. Этот симптом наблюдается не так часто, как остальные — в 2—16% случаев, в основном у больных аденомизмом. Часто у этих женщин имеется и какая-либо сопутствующая патология: миома матки, СПЯ. У 5—25% больных симптомом эндометриоза является предменструальное кровомазание, особенно с сопутствующем заболеванием аденомизмом.