Julia_miss,
Если вы судитесь, то должны были суду предоставиь акты взаиморасчетов. А если нет реализации, то где вы взяли задолженность?
Есть промежуточные акты в/р, т.е., организация-истец, видимо, решила, что передача прав состоялась. Но если передача прав происходила, а реализация не отражена, - то это, как минимум, занижение/сокрытие доходов. Не говоря уже о том, что в учете отсутствует дебиторская задолженность, как предмет спора.
Вообще, исходных данных в заданном вопросе очень мало, не говоря уже о том, что в таких случаях начинают с очень внимательного чтения условий договора, чтобы понять, кто на что имеет право и совершены ли в учете какие-то ошибки. А потом уже думать о возможных действиях и последствиях, которые зависят, в том числе, от системы НО.