В 1990—1991 годах — начальник подотдела Управления внешнеэкономических связей Государственного комитета экономики РСФСР (РФ).

В конце августа 1991 года Госкомэкономики РСФСР был упразднён, а вместо него было создано министерство экономики РСФСР[1]. В новом министерстве Михаил Касьянов стал заместителем начальника отдела Управления внешнеэкономической деятельности.

11 ноября 1991 года по указу президента РСФСР Бориса Ельцина Министерство экономики РСФСР и Министерство финансов РСФСР было объединены в Министерство экономики и финансов РСФСР, возглавил которое Егор Гайдар[2].

С 1992 по 1993 год Михаил Касьянов — начальник подотдела промышленно развитых стран и международных организаций Сводного отдела внешнеэкономических связей Министерства экономики РФ. В 1993—1995 годах занимал должность руководителя Департамента иностранных кредитов и внешнего долга, затем начальника Департамента иностранных кредитов и внешнего долга, член коллегии Министерства финансов Российской Федерации. В ноябре 1995 года был назначен заместителем министра финансов Владимира Панскова. После формирования в августе 1996 года нового правительства Черномырдина, министерство финансов возглавил Александр Лившиц — Касьянов сохранил должность заместителя.


С апреля 1996 года Михаил Касьянов, наравне с председателем правления Национального резервного банка Александром Лебедевым, считался вероятным претендентом в руководители Внешэкономбанка (место было вакантным с февраля 1996 года). Однако в итоге в октябре должность занял первый заместитель председателя правления Национального резервного банка Андрей Костин[4].

В конце 1996 года работал по урегулированию финансовых отношений России с Парижским клубом[5]. В дальнейшем работал заместителем министра финансов, когда на этом посту Лившица сменил Анатолий Чубайс (март—ноябрь 1997), а затем Михаил Задорнов (с ноября 1997).

В августе 1998 года в России произошёл дефолт и экономический кризис. После дефолта Касьянов был назначен председателем рабочей группы для проведения переговоров по реструктуризации внешних долгов России и частных банков страны. Вскоре он был назначен первым заместителем министра финансов Михаила Задорнова.
В июле 2005 депутат Госдумы (фракция «Единая Россия») Александр Хинштейн выступил с обвинениями в адрес Михаила Касьянова. По его словам, Касьянов, в бытность премьером, приватизировал в 2003 году по заниженной цене бывшую государственную дачу члена Политбюро ЦК КПСС М. А. Суслова. Опубликованные материалы были использованы Генеральной прокуратурой как повод для возбуждения уголовного дела по ст. 165 часть 3 Уголовного кодекса Российской Федерации («причинение имущественного ущерба в особо крупном размере путём обмана или злоупотребления доверием»).В 2007 году решением суда дача была возвращена в государственную собственность[9].